琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作支持介质的一种电泳方法,常用于DNA 切胶回收,DNA 分离和用于佐证DNA 是否重组、质粒等是否切开。
琼脂糖凝胶电泳的分析原理与其他支持物电泳最主要区别是它兼有“分子筛”和“电泳”的双重作用。作为分子筛的琼脂糖凝胶具有网络结构,物质分子通过时会受到阻力,不同大小的DNA分子带电情况不同,在电场中受力也不同,因此从负极向正极迁移的速度不同。大分子物质在涌动时受到的阻力大,因此在凝胶电泳中,带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量,而且还取决于分子大小,这就大大提高了分辨能力。
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所以,根据琼脂糖的基本参数,可靠的琼脂糖凝胶应该胶孔清晰、胶体不易断,具备纯度高(硫酸盐含量低)、凝胶强度大、胶凝点相对高(常温条件下凝固快)、电内渗低等特点。不同大小的目的片段也对应着不同大小的琼脂糖浓度,根据高浓度适合分离小片段原则,可参考下表找到合适自己的最 佳胶浓度。
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琼脂糖凝胶电泳必然离不开核酸染料的加持,溴化乙锭(Ethidium bromide,EB)是应用最早的、最成熟的核酸染料,并且由于其价格便宜、灵敏度高,早期被实验者广泛应用。但其分子量小,很轻易就能穿透细胞膜,属于诱变剂,具有高致癌性,对人体潜在危害非常大。实验者使用时需要谨慎再谨慎,另外,单独的EB区占用了实验室的大块空间,废胶、废液的处理费时、费力又费钱,以及不小心碰到EB区的东西可能再也不能重见天日了,真是让人又爱又恨。随着技术的发展,人们对健康与环境安全的重视,无毒核酸染料应运而生。
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那么,市面上宣称的无毒核酸染料真的无毒么?除了无毒还有什么优势呢?带着这些问题,可以参考翌圣生物YeaRed,一款替代EB的安全无毒核酸染料,来作为选择依据。
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YeaRed是翌圣生物研发的一种新型无毒核酸染料,具有独特的油性大分子结构,不能穿透细胞膜进入细胞内,不易挥发升华,人体不会吸入,从而保证了实验者安全。另外,YeaRed核酸染料进行了Mini-Ames试验,检测结果为阴性,即在凝胶染色浓度下YeaRed核酸染料无毒性。